Последователь Анаксимена, уроженец ионийского города Клазомен Анаксагор (ок. 500—428 до н. э.) был первым известным афинским философом. Он был близок к вождю афинской рабовладельческой демократии Периклу, которого в древности даже считали его учеником (как и известного автора трагедий Еврипида).

Накануне Пелопоннесской войны Анаксагору грозило судебное преследование по обвинению в богохульстве,  чреватое самыми тяжелыми последствиями, и только заступничество Перикла спасло его от печальной участи.  Однако Афины философ должен был оставить и бежать в Лампсак (Малая Азия), где создал свою философскую школу.

В своих натурфилософских воззрениях Анаксагор продолжал линию ионийских философов, но вместе с тем воспринял некоторые идеи, сформулированные философами элейской школы. В центре его внимания — вопрос о превращении одних вещей в качественно иные вещи. Согласно Анаксагору, вся природа — это бесконечное множество вечных, мельчайших, недоступных чувствам разнокачественных частиц, которые он сам называл семенами вещей и которые позже были названы гомеомериями. Они движутся и упорядочиваются неким космическим умом (нус), существующим независимо от материальных частиц (семян).

В своем сочинении «О природе» Анаксагор дал естественнонаучное объяснение небесных явлений, в частности лунных затмений (это сочинение и послужило причиной обвинения Анаксагора в богохульстве).